原作のストーリーを元にして展開されるオリジナルストーリー（カルテII、カルテVIは完全なオリジナル）。原作とはひと味違った作画と演出ではあるが、原作よりも少しピリッとした大人向けの内容となっている。当初は13巻まで製作する予定だったが途中で終ってしまったため、10巻で完結している。終了の告知はなく、製作終了に関し公式な理由は発表されていない。また1～7話までは日本コロムビアだったが8話～10話からは発売元をバンダイビジュアルに変更するという異例の事態となった。

巷で噂されている黒いマント姿にツギハギの顔の天才無免許医師ブラック・ジャック=BJ(本名：間 黒男（はざま くろお）)。幼い頃ずさんな不発弾処理が原因で母親と共に爆発事故に遭い、大手術の末、奇跡的に助かるが、そのときのショックにより、髪の毛の半分が白髪になる。手術後、半身不随に近い状態であったが、必死のリハビリにより回復し、天才無免許医師ブラック・ジャックとなって法外な料金を代償に、様々な怪我や難病を治療してゆく。

声優・キャラクター
大塚明夫、水谷優子、佐藤ゆうこ、小野涼子、富田耕生、川瀬晶子、石井真、阪脩、堀秀行、内海賢二、大木民夫、野沢那智、矢尾一樹、田中敦子

世界中で超人類ブームが起こっていた。従来の人間では考えられない集中力でパワーを発揮する彼らは、オリンピックや芸術の分野で次々に驚異的な活躍を見せる。ところが、実は彼らはある共通の病気に冒されていた。超人類と呼ばれる人達の入院管理をしているブレーン製薬のジョー・キャロル・ブレーンから、彼らの体に巣喰う病原菌の原因究明と手術を依頼されたブラック・ジャックは、その病原菌が脳下垂体の中に入り込んで、大量のエンドルフィンを分泌させていることを発見する。しかし、そもそも病原菌を彼らに移植して人体実験を行っていたのがジョーの仕業であることを、戦う医師団“M・S・J"のメンバーによって知らされたブラック・ジャックは、その非人道的なジョーのやり方に腹を立て、研究を降りようとした。ところが、ジョーはピノコを人質に取った上に、ブラック・ジャックの体内にその病原菌を植えつけてしまった。

詳細不明

ブラック・ジャックの元に、最新鋭戦闘機「レポール」に乗ってベラド共和国の軍人ガガノフがやって来た。銃を向けながら高圧的な態度で息子アンドレイの治療をブラック・ジャックに依頼するガガノフ。アンドレイの体は、心室中隔欠損症に伴うアイゼンメンゲル症候群によって手の施し様がない状態に陥っていた。一度は治療を断るブラック・ジャックだが、目の前でアンドレイが倒れる姿を見て、医者としての本能が動き出す……。

ブラック・ジャックの続編。謎の組織の陰謀をBJが世界各地を駆け巡り、また自らの出生の秘密を解き明かすため、世界中を巡る。
無免許医のブラック・ジャックを逮捕するためにやってきた友引警部が連行した場所は警察ではなく、病院だった。
ブラック・ジャックにある患者の手術を指示し、病院の医師たちが審査を行い、患者を治せたら医師免許を申請するという。その患者とは顔が腫れ上がった獅子面病の青年だった…。

声優・キャラクター
大塚明夫、水谷優子、佐藤ゆうこ、小野涼子、川瀬晶子、富田耕生、岩田光央、石井真

京都のダイダロス製薬会社で爆発事件が起きた。BJは友引警部によって留置されていたが、負傷した患者を治す代わりに放免してもらい、そこで瓦礫にはさまった幼児を危機一髪で助ける。

それから1か月後、BJは爆発事故で母親が危篤状態だという兄妹から依頼を受ける。一方、その母親はドクター・キリコに安楽死を依頼するが、そこへBJが駆けつけ患者の手術を開始。手術は無事成功する。だがその後、その親子が事故死したと聞かされBJは絶叫する。

ショックを受けたBJはメスを鍛えてもらうため、針師・琵琶丸と共に刀鍛治の馮二斉（ひょうじさい）を訪ねるが、直後に馮二斉は医の道を説く遺言を遺し死んでしまう。BJはその遺言の真の意味を理解できず、絶望感を深めていった。

声優・キャラクター
大塚明夫、水谷優子、富田耕生、川瀬晶子、小野涼子、佐藤ゆうこ、内海賢二、鹿賀丈史、平山あや、石垣佑磨、大和田伸也、野沢那智、小林清志、伊藤美紀、緒方恵美、柚木涼香、メッセンジャー黒田、陣内智則、手塚千以子

医療漫画の金字塔、手塚治虫の『ブラック・ジャック』。
その主人公である奇跡の腕を持つ天才外科医ブラック・ジャックはなぜ無免許で法外な金額を要求する闇医者となったのか……!?

ある日、列車とバスの衝突事故によるケガ人が多数搬出され、医学生・間黒男は手伝いを要請される。
1960年代、学生運動・ベトナム戦争等激動の時代を背景に若かりし頃のブラック・ジャックの知られざる過去を描き出す。



声優・キャラクター
梅原裕一郎、遊佐浩二、伊藤静、諏訪部順一、大塚明夫

モグリの天才外科医ブラック・ジャックが活躍する、手塚治虫が描いた医療マンガを原作とするテレビアニメ。よみうりテレビ開局45周年、ブラック・ジャック生誕30周年を記念して制作され、TVスペシャルとして放映された。原作の4つのエピソード「医者はどこだ」「勘当息子」「U-18は知っていた」「ときには真珠のように」がアニメ化されており、本作の制作時に作られた設定は、のちのTVアニメシリーズにもいかされた。また、主題歌にはB`zの「ROOTS」、そしてテーマ曲としてB`zの松本孝弘の手による「THE THEME OF B・J」が起用されている。

お金にがめつくて、嫁に対して口を開けば小遣いをせびってばかりいる老婆。そんなおばあちゃんに息子夫婦はうんざり…。あまりにも続く事を不審に思った息子は、おばあちゃんが外出すると、こっそり後をつけていく。そこで待ち受けていた意外な事実とは…

手塚治虫原作のインターネットアニメなどを配信するサイト「TezukaOsamu＠Cinema」にて配信されたブロードバンドコンテンツ。画面内のあるポイントを押すことにより、カメラ視点やシーンが変わる「ザッピングシステム」や、画面内のキャラクターなどをクリックすると、何かが起こる「アクションシステム」など、視聴者参加型の特徴を持つ作品となっている。また、声優に人気アーティストの宇多田ヒカルを起用したことも話題となった。